Từ năm 2000, Dagestan đã trở thành địa điểm của một cuộc chiến tranh du kích mức độ thấp, với nguyên nhân từ Chechnya; cuộc chiến đã gây ra cái chết của hàng trăm nhân viên và quan chức liên bang – chủ yếu là thành viên của các lực lượng cảnh sát địa phương – cũng như nhiều thường dân và quân nổi dậy Dagestan.

Gần đây, trong số các vụ việc gồm:

• Đầu năm 2005, các lực lượng chính phủ đã bao vây một nhóm năm tên phiến loạn trong một ngôi nhà hai tầng ngoại ô Makhachkala. Quân nổi dậy đã chiến đấu chống lại chính quyền trong mười bảy giờ, giết hại một lính commado tinh nhuệ thuộc Nhóm Alpha Nga và làm bị thương những người khác, cho tới khi các xe thiết giáp và một máy bay trực thăng phá hủy hầu như toàn bộ ngôi nhà và khu vực xung quanh. Tất cả quân phiến loạn đều bị giết.
• Trong những tuần trước trận chiến, quân nổi dậy đã làm trật bánh hai đoàn tàu, cướp bóc trạm cung cấp gas và bắn chết một sĩ quan tình báo cao cấp từ Moskva, cũng như một lãnh đạo cảnh sát địa phương. Một tháng sau, Thiếu tướng Magomed Omarov, thứ trưởng bộ nội vụ, đã bị ám sát tại Makhachkala.
• Ngày 1 tháng 7 năm 2005, 11 lính thuộc lực lượng MVD OSNAZ Nga đã bị giết và 7 người bị thương tại thủ đô khi đoàn xe của họ bị đánh bom.
• Ngày 20 tháng 8 năm 2005, một quả bom điều khiển từ xa đã giết hại ít nhất ba sĩ quan cảnh sát và làm bị thương nhiều người khác tại một con phố đông đúc ở Makhachkala. Quả bom phát nổ dưới gốc cây khi đoàn tuần tra đi qua.
• Tháng 1 năm 2006, một cuộc chiến ba ngày giữa ba nghìn quân Nga do Bộ trưởng Nội vụ chỉ huy và ước tính tám tên phiến loạn[cần dẫn nguồn] xảy ra tại một ngọn núi gần Avary. Ít nhất ba quân nhân OMON và Spetznaz thiệt mạng và hơn mười người bị thương. Dù bị pháo kích và ném bom nặng nề, quân phiến loạn vẫn thoát khỏi vòng vây.
• Ngày 22 tháng 3 năm 2006, một nhóm quân phiến loạn đã bắn chết dã mang lãnh đạo hành chính quận Botlikh của Dagestan trong một trận đấu súng kinh hoàng tại Makhachkala.
• Ngày 27 tháng 8 năm 2006, ba sĩ quan cảnh sát và bốn lính đã bị giết trong một cuộc đấu súng kéo dài hai giờ ở Makhachkala.